枯草芽孢桿菌可作為微生物調節劑，起到改善水質，抑制有害微生物，營造優良的水生生態環境。由于養殖水體中動物長期高密度養殖，大量的餌料殘渣、動物殘骸、糞便沉積物等污染物堆積，極易導致水質惡化，危害養殖動物的健康，甚至減產，造成損失。對水產養殖業的可持續發展危害巨大。而枯草芽孢桿菌可通過養分競爭或空間位點競爭定殖在水體中，形成優勢菌群，抑制水體中有害病原菌（如弧菌、大腸桿菌）等有害微生物的生長繁殖，從而改變水體和底泥中的微生物數量和結構，可以有效預防水生動物因水質惡化引起的疾病。同時，枯草芽孢桿菌作為一種能分泌胞外酶的菌株，其分泌的多種酶類能有效分解水中的有機物，改善水質。例如，枯草芽孢桿菌產生的幾丁質酶、蛋白酶、脂肪酶等活性物質，可以分解水中的有機物，降解動物飼料中的營養物質，不僅使動物能夠充分吸收和利用飼料中的營養物質，還能大大改善水質；枯草芽孢桿菌還可以調節養殖水的pH值。